Fort Penningsveer wordt beheerd door de Stichting Fort Penningsveer, die is opgericht in 1985. Tot 2001 werd de naam “Stichting Buitenverblijf aan de Binnen-Liede” gevoerd. Het doel van de stichting is het ontwikkelen, bevorderen en doen plaatsvinden van activiteiten met betrekking tot zorg, leren, werken en recreëren op en vanuit het fort. Zij richt zich in het bijzonder op mensen die – sociaal gezien – extra ondersteuning nodig hebben. Daarnaast is in de loop der jaren nog een ander doel in beeld gekomen en dat is het in goede staat bewaren van de opstallen op het terrein van het fort. Het fort is immers een provinciaal monument en daarnaast – als onderdeel van de Stelling van Amsterdam – geplaatst op de Werelderfgoedlijst van Unesco. Dat brengt verplichtingen met zich mee en de stichting tracht daaraan zo goed mogelijk bij te dragen, zodat ook ons nageslacht kan genieten van dit schitterende monument. De sociaal-maatschappelijke doelstelling blijft echter voorop staan.

Om deze doelen te kunnen realiseren, dient de stichting te beschikken over de benodigde financiële middelen. Deze verkrijgt zij uit eenmalige of periodieke bijdragen, subsidies, schenkingen, opbrengsten uit de verhuur van ruimten en andere baten.

De stichting staat onder leiding van een bestuur. Het bestuur bestaat uit: Harm van Dijk (voorzitter), Balster van Duijn (penningmeester), Remco Roersch (secretaris) en Fred van Lachterop.

De stichting staat ingeschreven in het register van de Kamer van Koophandel onder nummer 41205052.